山茱萸和吳茱萸的主要區別是種屬、形態以及藥用價值的不同。山茱萸是山茱萸科落葉灌木或小喬木，吳茱萸為蕓香科小喬木或灌木植物；前者的核果長橢圓形，果實飽滿，味酸，后者的果實密集，味辛，像一顆顆小瘤子，表面不光滑也不艷麗。

種屬不同

山茱萸是山茱萸科落葉灌木或小喬木，別名山萸肉、藥棗、棗皮、蜀酸棗、肉棗、薯棗、雞足、實棗、萸肉、藥棗、天木籽、山芋肉、實棗兒。

吳茱萸為蕓香科小喬木或灌木植物，別名吳萸、茶辣、漆辣子、臭辣子樹、左力純幽子、米辣子等。

形態不同

從形態上來看，山茱萸和吳茱萸最大的不同之處就是果實和花朵。

山茱萸的核果長橢圓形，長1.2-1.7厘米，直徑5-7毫米，顏色是紅色或紫紅色。果實飽滿，看起來就像一顆顆大紅棗一樣，鮮艷富有光澤，山茱萸的果期在9-10月。

吳茱萸的果實密集或疏離，顏色是暗紫紅色，有大油點，每分果瓣有1種子，種子近圓球形，一端鈍尖，腹面略平坦，褐黑色，有光澤。是怎樣的果實就像一顆顆小瘤子，表面不光滑也不艷麗，看起來更加的密集。它的果期是在10月到11月。

山茱萸的花朵黃色，開起來金燦燦的，十分耀眼，而吳茱萸的花朵則是白色的，花開比較清淡。

藥用價值不同

山茱萸性微溫，味酸、澀，具有補益肝腎，澀精固脫的功效。用于眩暈耳鳴，腰膝酸痛，陽痿遺精，遺尿尿頻，崩漏帶下，大汗虛脫等癥。

吳茱萸性熱，味辛、苦，具有散寒止痛，降逆止嘔，助陽止瀉的功效。治療寒疝腹痛，寒濕腳氣，經行腹痛，脘腹脹痛，嘔吐吞酸，虛寒久瀉等癥。