根莖區別：石菖蒲要比水菖蒲的根莖細，前者外部為淡褐色，后者為黃褐色。葉子區別：石菖蒲葉子是線形，長度為20-30cm左右，無中肋。水菖蒲葉子是劍狀的線形，有明顯的中肋，葉子也很長。習性區別：石菖蒲喜歡半陰的環境，而水菖蒲喜歡溫暖的環境。
石菖蒲的根莖粗度為2-5mm左右，并有著淡淡的芳香，它的顏色為淡褐色，根莖是肉質的，上面還有很多的須根，節間的長度通常為3-5mm。
水菖蒲的根莖是橫走的，粗度是5-10mm左右，同樣有芳香，但它是黃褐色的。它的肉質根是5-6cm左右，須根都是毛發狀的。
石菖蒲的葉子是很薄的，是線形的，長度差不多是在20-30cm左右，有時可達到50cm。它的葉色為暗綠色，無中肋。
水菖蒲的葉子是劍狀的線形，長度會更長一些，有90-150cm左右。它的葉子為綠色，十分光亮，有著十分明顯的中肋。
石菖蒲喜歡在半陰的環境下生長，很害怕被陽光直接照射，喜歡濕潤的環境。
水菖蒲同樣喜歡在濕潤處生長，它是喜歡溫暖的，環境的額溫暖度應在20-25℃左右。
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